５８年に、前年にはなかった会計検査院法第３６条権限を行使した事案が３本登場し、その後３６条行使が定着する。

　昭和６１年に会計検査問題研究会を設置し、その成果は「業績検査に関する研究報告書」として取りまとめられた。

　昭和６１年から平成元年まで医学博士を招聘して医療費の検査を６２年から開始して定着させた。生活保護の検査についてもこの時期に再開されている。

　昭和５８年に作成された昭和５７年度決算検査報告は検査の観点の明記、検査対象の概要における計数の表による表記（例えばこれやこれ）など決算検査報告のスタイルを大幅に変更するものだった。

　昭和６２年に渉外広報室を設置している。

　昭和６３年に公会計監査フォーラム（現在の公会計監査機関意見交換会議）が開催された。

　従前は局に二人ずつ配置されていて局の業務に専従していた１０人の審議官を、平成元年度予算で官房に配置した上で、局担当として局の業務を行うこととし、必要に応じて、官房の業務や局を超えた検査業務にも従事できるようにした。これにより、横断的検査の基盤も整備することができ、平成１０年の横断的検査「公的宿泊施設の運営に関する会計検査」を円滑に行うことができた。