政府（行政刷新会議）が行う事業仕分けは外部の知見を導入するものの、内部点検であり、外部監査機関である会計検査院とは立場を異にする。このことを２２年４月２１日の衆議院決算行政監視委員会で会計検査院長が次のように説明している。

○木村（太）委員　会計検査院の役割と事業仕分けとの整合性はどうなっているんですか。
○西村会計検査院長　会計検査院は、憲法上、国の決算についての検査機関とされておりまして、内閣から独立した立場で国や国の出資法人等の会計経理を監督する、そしてその適正を期して是正を図っていくということを目的にしております。したがいまして、政府部内に置かれました行政刷新会議とは、その立場、目的等が違っていると思います。
　また、検査院は、個々の会計経理等について、実施状況について検査をいたしまして、この検査においては、正確性とか合規制、経済性、有効性、効率性等の観点から検査を行いますが、その中で問題等があると認めました場合には、指摘をし、また検査報告に掲記をしております。そういう中には、国会あるいは政府等で予算編成等に活用していただくようなものもあるかと思っております。
　以上です。

　会計検査院の検査結果を内部点検たる事業仕分けで活用していることは、ここでも示されている。