公益法人には、その公益性のある活動について国から補助金をもらっているものがあり、また、国から調査等を受託しているものもある。このような国等の補助金交付や契約については、会計検査院の検査対象であり、その意味で、公益法人について検査し、指摘するケースは昔からあった。
　しかし、公益法人に特有の性格、すなわち、その設立について国等が関与し（１８年改正前の民法第３４条）、また、監督を受けるという性格が、一般の民間企業とは異なった特質を有することに着眼したのは、府省横断型検査組織を立ち上げた比較的、最近のことであり、その組織の最初のレポートの一つ「国が公益法人等に補助金等を交付して設置造成させている資金について」（１３年１１月の報告書に記載）が、公益法人に特有の問題を取り上げる先駆けとなった。
　そして、１６年１１月の報告書のレポート「国が発注している調査研究事業について」では、国が発注する調査研究事業の委託先で「件数では公益法人、民間企業、独立行政法人等の順に多く、金額では独立行政法人等、公益法人、民間企業の順に多くなっている」ことを示しており、「調査対象契約に占める割合は、公益法人が件数で４５．９％、金額で３５．２％となっており、このうち、所管の公益法人（当該府省等が指導監督等の権限を持つ公益法人）がそれぞれ件数で３７．０％、金額で２８．５％となっている」ことを示している。

　前者の公益法人基金の問題意識は、１７年６月の国会検査要請につながり、そのレポートは「国が公益法人等に補助金等を交付して設置造成させている資金等に関する会計検査の結果について」（１７年１０月２５日報告） （ＰＤＦ(1,264KB)）として取りまとめられ、さらに、２０年６月の国会要請に対する検査報告「各府省所管の公益法人の財務等の状況について」（２１年１０月１４日報告）（本文PＰＤＦ(3,738KB)、別添資料ＰＤＦ(1,468KB)）でも一項を起こして「国等の補助金等により各府省所管の公益法人に設置造成された基金の状況」を報告している。

　後者の公益法人に対する調査研究事業発注の問題意識については、上記の２０年６月の検査要請で「検査の内容」として「各府省所管の公益法人についての次の各事項　……〔2〕 　国が発注している調査研究事業の状況」として明確に示され、、会計検査院はこれに対して「各府省所管の公益法人の財務等の状況について」（２１年１０月１４日報告）（本文ＰＤＦ(3,738KB)、別添資料ＰＤＦ(1,468KB)）を報告している。

　なお、上記の２１年１０月の報告書では、公務員の再就職の問題（いわゆる天下りの問題）も取り上げており、「国費等交付先法人における所管府省退職者の再就職者の状況」という項を建てて、「補助金等の交付額と再就職者の在籍の有無との関係についてみると、１法人当たりの所管府省からの補助金等の交付額は、再就職者が在籍している法人においては６１６百万円となっていて、在籍していない法人の８７百万円に対して約７倍となっている。また、１件３００万円以上の随意契約に基づく支払金額と再就職者の在籍の有無との関係についてみると、１法人当たりの所管府省からの支払金額は、再就職者が在籍している法人においては４１３百万円となっていて、在籍していない法人の５９百万円に対して約７倍となっている。」と報告しており、このことはいろいろな方面で引用されることとなった。